Investigadores de NVIDIA y Harvard han logrado un gran logro en el examen hereditario. Crearon un profundo alijo de herramientas de aprendizaje que esencialmente puede reducir el tiempo y los gastos que se esperan para ejecutar pruebas poco comunes y de una sola celda. Según un examen distribuido en Nature Correspondences, el alijo de herramientas AtacWorks puede ejecutar la derivación en un genoma completo, una interacción que generalmente requiere apenas dos días, en treinta minutos. Está listo para hacerlo gracias a las GPU Tensor Center de NVIDIA.
AtacWorks trabaja con ATAC-seq, una estrategia fundamentada destinada a descubrir zonas abiertas en el genoma de células sanas e infectadas. Estas "regiones abiertas" son subsecciones del ADN de un individuo que se utilizan para decidir y ejecutar capacidades explícitas (piense en las células del hígado, la sangre o la piel). Esta es la parte del genoma de un individuo que podría dar a los investigadores señales sobre si un individuo podría tener Alzheimer, enfermedad coronaria o enfermedad.
ATAC-sec en su mayor parte requiere la investigación de una gran cantidad de células, pero AtacWorks puede obtener resultados similares utilizando solo muchas células. Los especialistas también aplicaron AtacWorks a un conjunto de datos de microorganismos inmaduros que producen plaquetas rojas y blancas, subtipos que comúnmente no se pueden considerar utilizando técnicas habituales. Sea como fuere, con AtacWorks, tenían la opción de reconocer piezas separadas del ADN relacionadas con plaquetas blancas y plaquetas rojas individualmente.
La capacidad de descomponer el genoma más rápido y menos costoso contribuirá en gran medida a distinguir los cambios o biomarcadores particulares que podrían provocar ciertas enfermedades. Incluso podría ayudar a la revelación de drogas al ayudar a los especialistas a determinar cómo funciona la enfermedad.
"Con tipos de células poco comunes, no es realista examinar los contrastes en su ADN utilizando estrategias existentes", dijo el analista de NVIDIA y el creador principal del artículo, Avantika Lal. "AtacWorks puede ayudar no solo a impulsar la reducción de los gastos de información sobre la apertura de la cromatina en los asuntos sociales, sino que también abre oportunidades adicionales en la revelación y el diagnóstico de fármacos".